缬更昔洛韦存在明确的胎儿毒性风险，可能导致人类胎儿出生缺陷。因此，女性患者在最后一次服药后，至少30天内必须持续采取避孕措施；男性患者则需在末次用药后至少90天内继续有效避孕。此外，该药物可能对男女患者的生育能力产生影响。

该药还具有血液学毒性，可能引发严重的白细胞减少症、中性粒细胞减少症、贫血、血小板减少症、全血细胞减少症以及骨髓衰竭，其中甚至包括再生障碍性贫血。

研究显示，它存在致突变和致癌作用，意味着可能增加人类患癌的风险。

目前，对于以下儿童群体的安全性和有效性尚未确立：16岁以下预防小儿肝移植患者、1个月以下心脏移植患者、4个月以下肾移植患者、患有巨细胞病毒（CMV）视网膜炎的儿科艾滋病患者，以及患有先天性CMV感染的婴儿。

对于接受透析的患者（肌酐清除率低于10 mL/min的成人和16岁以上青少年），不推荐使用此药。

用药期间，若出现任何感染迹象，例如发烧、发冷、异常疲倦、流感样症状、口腔或皮肤溃疡、皮肤苍白、容易瘀伤、异常出血、呼吸急促或头晕目眩，应立即就医。

缬更昔洛韦具有肾毒性，尤其在与某些治疗感染、癌症、骨质疏松、器官移植排斥、肠道疾病、高血压或疼痛/关节炎的药物合用时风险增加。老年患者可能更易出现肾脏问题，需密切关注以下症状：尿量显著减少或无尿、排尿疼痛或困难、脚踝或脚部肿胀、感到异常疲劳或气短。